PTFE-MBR膜生物反应器存在以下一些缺点：

1. 投资成本高：

- 膜材料价格贵：PTFE 膜本身的制造成本较高，这使得 PTFE-MBR 系统的初始投资较大。与传统的污水处理工艺相比，在设备采购、安装以及基础设施建设等方面的费用都较高。例如，对于一些小型污水处理项目，采用 PTFE-MBR 技术可能会使投资成本增加数倍甚至更多。

- 配套设备要求高：为了保证 PTFE-MBR 系统的正常运行，需要配备高质量的预处理设备、曝气设备、抽吸设备等，这些配套设备的成本也会增加整个系统的投资。

2. 膜污染问题：

- 污泥沉积：MBR 系统中的活性污泥容易在 PTFE 膜表面沉积，形成泥饼层，降低膜的通透性。虽然 PTFE 膜具有一定的抗污染性能，但长期运行后，污泥的积累仍然会影响膜的过滤效率。例如，如果污泥浓度过高或污泥的沉降性能不好，就会加速膜污染的进程。

- 有机物污染：废水中的有机物可能会吸附在 PTFE 膜表面或进入膜孔内，导致膜的堵塞。特别是对于含有高浓度难降解有机物的工业废水，有机物污染问题可能更为严重。

- 生物污染：微生物在膜表面的生长繁殖也是导致膜污染的一个重要因素。微生物会分泌一些胞外聚合物（EPS），这些物质会增加膜表面的粘性，使污泥更容易附着，进一步加剧膜的污染。

3. 能耗较高：

- 曝气能耗：为了减轻膜污染，需要进行大量的曝气。一方面，要为微生物提供足够的氧气，保证生物处理过程的正常进行；另一方面，曝气产生的气流可以冲刷膜表面，减少污染物的沉积。但是，高强度的曝气会消耗大量的电能。

- 抽吸能耗：PTFE-MBR 系统需要通过抽吸泵将处理后的水抽出，由于膜的过滤阻力较大，抽吸泵需要消耗较多的能量来克服阻力，从而增加了系统的能耗。

4. 运行维护复杂：

- 膜清洗频繁：由于膜污染的存在，需要定期对 PTFE 膜进行清洗。清洗过程包括物理清洗（如反冲洗、气洗等）和化学清洗（使用化学药剂去除膜表面的污染物）。频繁的清洗不仅增加了运行维护的工作量，还会缩短膜的使用寿命。

- 系统监控要求高：PTFE-MBR 系统的运行需要对多个参数进行实时监控，如膜通量、跨膜压差、污泥浓度、溶解氧等。一旦某个参数出现异常，就可能影响系统的正常运行。因此，需要配备专业的技术人员和先进的监控设备，这也增加了系统的运行维护成本。

5. 对预处理要求严格：

- 进水水质要求高：为了避免膜的损坏和污染，PTFE-MBR 系统对进水的水质要求较高。需要对原水进行严格的预处理，去除其中的大颗粒物质、悬浮物、油脂等杂质。否则，这些杂质会对膜造成机械损伤或堵塞膜孔。

- 预处理工艺复杂：为了满足进水水质的要求，需要采用多种预处理工艺，如格栅、沉砂、沉淀、过滤等。这些预处理工艺的增加，不仅提高了系统的投资成本，还增加了运行管理的难度。